Експедиција на Атлантис под водством Др. Wеир долази у град Древних и убрзо су присиљени тражити излаз из кризе узроковане кроничним недостатком енергије те залихама хране коју због немогуќности позивања Земље не могу осигурати. Тако упознају Атхосијанце, а скупа са њима и нове моќне непријатеље Wраитхе, које буде из дугогодишње хибернације. Мајор Схеппард саставља тим који се састоји од њега, Др. МцКаyа, поручника Форда и Атхосијанке Теyле. Такоѓер почетком сезоне стварају себи нове непријатеље Гениије, војну цивилизацију са технологијом из 1950-их година. Пред крај сезоне под нападом Wраитха спремају се на евакуацију са Атлантиса, али им у задњи тренутак стиже помоќ са Земље. Сезона ипак завршава опсадом Атлантиса, не приказујуќи коначан исход.