Die Sendereihe stellt die über ein Jahrtausend hindurch in der Mitte Europas historisch wirksamen Kräfte vor und spürt den Ursachen, Prozessen und Wirkungen dieser Kräfte auf dem Gebiet des heutigen Bayern nach. Verbreitet ist ein monolithisches, dynastisch motiviertes, altbayerisches Geschichtsbild von Bayern. Dem setzt die Sendereihe DAS BAYERISCHE JAHRTAUSEND ein aus unterschiedlichen Traditionslinien herrührendes, mitunter widersprüchliches, offenes Geschichtsverständnis entgegen.