Radnja serije vrti se oko nestanka zatvorenika i čuvara 1963. godine koji se odjednom pojavljuju u sadašnjem vremenu u San Franciscu gdje ih lovi posebna vladina agencija. Madsenica se obraća stručnjaku za Alcatraz i ljubitelju stripova, dr. Diegu "Docu" Sotou (Jorge Garcia), kako bi joj pomogao da sastavi slagalicu neobjašnjivog slijeda događaja. Njih dvoje otkrivaju ne samo da je Sylvane još živ nego i da je na slobodi, na ulicama San Francisca, te da izvršava desetljeće staru osvetu i na svojem putu ostavlja trupla. Začudo, ni dana nije ostario od 1963., kad je Alcatrazom željeznom šakom upravljao upravitelj zatvora Edwin James (Jonny Coyne) i sadistički pomoćnik upravitelja E. B. Tiller (Jason Butler Harner). Detektivka Madsen i Soto moraju se udružiti s Hauserom i njegovom tehničarkom Lucy Banerjee (Parminder Nagra) kako bi zaustavili Sylvanea na njegovu osvetničkom ubilačkom pohodu.
Prekapanjem po povijesti Alcatraza, vladinim zataškavanjima i Rebeccinu naslijeđu, ekipa otkriva da je Sylvane tek manji dio mnogo veće, mnogo zlokobnije opasnosti koja i danas prijeti. Možda je za sada prvi, ali ubrzo postaje jasno da Sylvane neće biti i jedini iz Alcatraza koji će se ponovno pojaviti. Tijekom istrage Madsenica i Soto doznaju da je Hauser gotovo 50 godina čekao povratak zatvorenika. Soto će svjedočiti kako njegovo životno djelo – povijest Alcatraza – oživljava. Madsenica će vidjeti kako se sve što je mislila da zna o obiteljskoj povijesti razbija na komadiće, dok se istodobno bore da zemlju ne ugroze najopasniji zločinci u povijesti.
