Lincoln Burrows viene accusato di aver ucciso il fratello del vice Presidente degli Stati Uniti, e per questo viene incarcerato e condannato a morte nel Penitenziario Fox River. Lincoln ha un fratello, un dotato ingegnere di nome Michael Scofield, che convinto dell'innocenza dell'uomo, finge una rapina per essere incarcerato nella stessa prigione. Arrivato nel luogo, Michael mette in scena di essere gravemente malato così da avvicinarsi alla dottoressa Sara Tancredi, al fine di ottenere l'accesso all'infermeria. I fratelli sono intralciati, nello stesso tempo, da alcuni agenti sotto copertura, membri dell'organizzazione la "Compagnia". Lincoln e Michael insieme ad altri sei detenuti, Fernando Sucre, Theodore "T-Bag" Bagwell, Benjamin Miles "C-Note" Franklin, David "Tweener" Apolskis, John Abruzzi e Charles "Haywire" Patoshik, decidono di evadere dalla prigione.