Godina je 2013. London je evakuisan nakon anuklearne bombe. Posle napada, MI5 mora potpuno rekonstruiše i uspostavi kancelarije u oblasti širom Velike Britanije, kako bi mogli da prikupe vesti iz samog srca lokalnih zajednica. Njima je potrebna mlada, nova generacija oficira na terenu i to što pre. Srećom, britanska mladež je spremna da uzvrati udarac. To je nova generacija MI5 koja ima snage i spremna je da se bori za svoju državu.
Spooks: Code 9 je spin off poznatije i poularnije serije Spooks.