Kyle XY: történet egy 16 éves, zseniális elméjű fiúról, akire az utcán kószálva találtak rá. Nincsenek emlékei arról, hogy ki is ő, vagy, hogy honnan származik. Hamarosan átviszik egy fiataloknak fenntartott javítóintézetbe, ahol találkozik a pszichológus Nicole Tragerrel. Nicole észreveszi, hogy Kyle lenyűgöző képességekkel rendelkezik, és hamarosan azzal áll elő, hogy hazaviszi a fiút az otthonába a férjéhez és két gyerekéhez. Stephen először kétségekkel telien tekint Kyle-ra. Miközben a Trager családnál lakik, Kyle elkezd emlékezni, és hajlandó mindent megtenni, hogy feltárja a múltját.
